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Investigation of the dynamic nature of proteins with enhanced sampling techniques

Putzu, Marina

Abstract:
In dieser Arbeit werden zwei Aspekte der dynamischen Natur von Proteinen mit Hilfe von Enhanced Sampling Methoden untersucht.
Zunächst wurden Mikrosekunden-Molekulardynamiksimulationen von Harzianin HK VI (HZ) in Wechselwirkung mit einer Dimyristoylphosphatidylcholin-Doppelschicht unter der Bedingung eines niedrigen Peptid-zu-Lipid Verhältnisses durchgeführt. Zwei Orientierungen des HZ-Moleküls in der Doppelschicht wurden gefunden und charakterisiert. In der Ausrichtung senkrecht zur Doppelschicht-Oberfläche induziert HZ eine lokale Ausdünnung der Doppelschicht. Wird ... mehr

Abstract (englisch):
In this work two aspects of the dynamic nature of proteins are investigated using enhanced sampling techniques.
Firstly, microsecond molecular dynamics simulations of harzianin HK VI (HZ) interacting with a dimyristoylphosphatidylcholine bilayer were performed at the condition of low peptide-to-lipid ratio. Two orientations of HZ molecule in the bilayer were found and characterized. In the orientation perpendicular to the bilayer surface, HZ induces a local thinning of the bilayer. When inserted into the bilayer parallel to its surface, HZ is located nearly completely ... mehr

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Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000083909
Veröffentlicht am 06.07.2018
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Publikationstyp Hochschulschrift
Jahr 2018
Sprache Englisch
Identifikator urn:nbn:de:swb:90-839096
KITopen-ID: 1000083909
Verlag KIT, Karlsruhe
Umfang XVI, S. 119
Abschlussart Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Prüfungsdatum 19.04.2018
Referent/Betreuer Prof. M. Elstner
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