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DOI: 10.5445/IR/1000083909
Veröffentlicht am 06.07.2018

Investigation of the dynamic nature of proteins with enhanced sampling techniques

Putzu, Marina

Abstract:
In dieser Arbeit werden zwei Aspekte der dynamischen Natur von Proteinen mit Hilfe von Enhanced Sampling Methoden untersucht.
Zunächst wurden Mikrosekunden-Molekulardynamiksimulationen von Harzianin HK VI (HZ) in Wechselwirkung mit einer Dimyristoylphosphatidylcholin-Doppelschicht unter der Bedingung eines niedrigen Peptid-zu-Lipid Verhältnisses durchgeführt. Zwei Orientierungen des HZ-Moleküls in der Doppelschicht wurden gefunden und charakterisiert. In der Ausrichtung senkrecht zur Doppelschicht-Oberfläche induziert HZ eine lokale Ausdünnung der Doppelschicht. Wird ... mehr

Abstract (englisch):
In this work two aspects of the dynamic nature of proteins are investigated using enhanced sampling techniques.
Firstly, microsecond molecular dynamics simulations of harzianin HK VI (HZ) interacting with a dimyristoylphosphatidylcholine bilayer were performed at the condition of low peptide-to-lipid ratio. Two orientations of HZ molecule in the bilayer were found and characterized. In the orientation perpendicular to the bilayer surface, HZ induces a local thinning of the bilayer. When inserted into the bilayer parallel to its surface, HZ is located nearly completely ... mehr


Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Publikationstyp Hochschulschrift
Jahr 2018
Sprache Englisch
Identifikator URN: urn:nbn:de:swb:90-839096
KITopen ID: 1000083909
Verlag Karlsruhe
Umfang XVI, S. 119
Abschlussart Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Prüfungsdatum 19.04.2018
Referent/Betreuer Prof. M. Elstner
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