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ModelTest-NG: A New and Scalable Tool for the Selection of DNA and Protein Evolutionary Models

Darriba, Diego; Posada, David; Kozlov, Alexey M.; Stamatakis, Alexandros 1; Morel, Benoit; Flouri, Tomas
1 Institut für Theoretische Informatik (ITI), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)

Abstract:

ModelTest-NG is a reimplementation fromscratch of jModelTest and ProtTest, two popular tools for selecting the best-fit nucleotide and amino acid substitution models, respectively. ModelTest-NG is one to two orders of magnitude faster than jModelTest and ProtTest but equally accurate and introduces several new features, such as ascertainment bias correction, mixture, and free-rate models, or the automatic processing of single partitions.


Verlagsausgabe §
DOI: 10.5445/IR/1000105651
Originalveröffentlichung
DOI: 10.1093/molbev/msz189
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Zitationen: 865
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Zitationen: 1110
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Publikationstyp Zeitschriftenaufsatz
Publikationsmonat/-jahr 01.2020
Sprache Englisch
Identifikator ISSN: 0737-4038, 1537-1719
KITopen-ID: 1000105651
Erschienen in Molecular biology and evolution
Verlag Oxford University Press (OUP)
Band 37
Heft 1
Seiten 291–294
Vorab online veröffentlicht am 21.08.2019
Schlagwörter phylogenetic model selection, high-performance computing, efficient algorithms, phylogenetic inference
Nachgewiesen in Scopus
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