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Genesis and Gappa: processing, analyzing and visualizing phylogenetic (placement) data

Czech, L.; Barbera, P.; Stamatakis, A. 1
1 Institut für Theoretische Informatik (ITI), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)


We present genesis, a library for working with phylogenetic data, and gappa, an accompanying command-line tool for conducting typical analyses on such data. The tools target phylogenetic trees and phylogenetic placements, sequences, taxonomies and other relevant data types, offer high-level simplicity as well as lowlevel customizability, and are computationally efficient, well-tested and field-proven.

Verlagsausgabe §
DOI: 10.5445/IR/1000120386
Veröffentlicht am 28.06.2020
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa070
Zitationen: 86
Web of Science
Zitationen: 81
Zitationen: 111
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Publikationstyp Zeitschriftenaufsatz
Publikationsdatum 15.05.2020
Sprache Englisch
Identifikator ISSN: 0266-7061, 1367-4803, 1367-4811, 1460-2059
KITopen-ID: 1000120386
Erschienen in Bioinformatics
Verlag Oxford University Press (OUP)
Band 36
Heft 10
Seiten 3263-3265
Vorab online veröffentlicht am 04.02.2020
Nachgewiesen in Dimensions
Web of Science
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