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Improving Single Cell ‘Omics Methods for Investigating Microbial Dark Matter

Sobol, Morgan S. 1
1 Institut für Biologische Grenzflächen (IBG), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)

Abstract:

Die überwiegende Mehrheit des mikrobiellen Lebens ist unentdeckt und wenig erforscht, da sie bisher noch nicht erfolgreich kultiviert werden konnten. Wir bezeichnen sie daher als mikrobielle dunkle Materie (microbial dark matter, MDM). MDM hat hohes biotechnologisches Potential, z.B. für die Nutzung nachhaltiger Energiequellen, zur biologischen Sanierung kontaminierter Böden, oder für medizinische Anwendungen. Der Einsatz kulturunabhängiger Methoden zur Untersuchung von Mikroorganismen in der Natur, die Metagenomik und Metatranskriptomik, hat unser Verständnis von MDM erheblich verbessert. ... mehr

Abstract (englisch):

The vast majority of microbial life still remains undiscovered and understudied. We refer to these microorganisms as microbial dark matter (MDM) because they have not yet been successfully cultured. Within MDM hide potentially novel and important solutions for sustainable energy, bioremediation of contaminated environments, and the war against rising antibiotic resistance. The use of culture-independent methods to study microorganisms at the community-level, such as metagenomics and metatranscriptomics, have significantly advanced our understanding of MDM. However, these methods still struggle to reliably assemble individual genomes and transcriptomes, especially from low abundant organisms in highly diverse communities. ... mehr


Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000154128
Veröffentlicht am 18.08.2023
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Angewandte Biowissenschaften (IAB)
Institut für Biologische Grenzflächen (IBG)
Institut für Funktionelle Grenzflächen (IFG)
Publikationstyp Hochschulschrift
Publikationsdatum 18.08.2023
Sprache Englisch
Identifikator KITopen-ID: 1000154128
HGF-Programm 43.33.11 (POF IV, LK 01) Adaptive and Bioinstructive Materials Systems
Verlag Karlsruher Institut für Technologie (KIT)
Umfang xviii, 123 S.
Art der Arbeit Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Biologische Grenzflächen (IBG)
Prüfungsdatum 15.12.2022
Referent/Betreuer Kaster, Anne-Kristin
Schwartz, Thomas
KIT – Die Forschungsuniversität in der Helmholtz-Gemeinschaft
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