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DOI: 10.5445/IR/1000081661

Models, Optimizations, and Tools for Large-Scale Phylogenetic Inference, Handling Sequence Uncertainty, and Taxonomic Validation

Kozlov, Oleksii

Abstract:
Das Konzept der Evolution ist in der modernen Biologie von zentraler Bedeutung.
Deswegen liefert die Phylogenetik, die Lehre über die Verwandschaften und Abstam-
mung von Organismen bzw. Spezies, entscheidende Hinweise zur Entschlüsselung
einer Vielzahl biologischer Prozesse. Phylogenetische Stammbäume sind einerseits
für die Grundlagenforschung wichtig, da sie in Studien über die Diversifizierung und
Umweltanpassung einzelner Organismengruppen (z.B. Insekten oder Vögel) bis hin
zu der großen Herausforderung, die Entstehung und Entwicklung aller Lebensfor-
men i ... mehr

Abstract (englisch):
Evolution is a central paradigm of current biology, and thus phylogenetics, the study of
evolutionary relationships between organisms, is essential for understanding biological pro-
cesses. Phylogenetic trees are as important for fundamental research (e.g, reconstructing
the Tree of Life) as for numerous practical applications (e.g., studying HIV transmis-
sion dynamics or tumor heterogeneity in cancer). State-of-the-art phylogenetic inference
methods, such as Maximum Likelihood (ML) and Bayesian Inference (BI), rely on prob-
abilistic models of molecular sequenc ... mehr


Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Publikationstyp Hochschulschrift
Jahr 2018
Sprache Englisch
Identifikator URN: urn:nbn:de:swb:90-816612
KITopen ID: 1000081661
Verlag Karlsruhe
Umfang XVI, 132 S.
Abschlussart Dissertation
Fakultät Fakultät für Informatik (INFORMATIK)
Institut Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Prüfungsdatum 17.01.2018
Referent/Betreuer Prof. A. Stamatakis
Schlagworte phylogenetics, maximum-likelihood, taxonomic validation, high performance computing, Intel Xeon Phi
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