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DOI: 10.5445/IR/1000083218
Veröffentlicht am 02.10.2018

Structural Studies of Biomolecular Systems with Molecular Dynamics Simulations

Schneider, Violetta Franziska Roswitha

Abstract:
In vorliegender Arbeit wurden computerbasierte Simulationen eingesetzt, um verschiedene strukturelle Eigenschaften und Dynamiken von Biomolekülen aufzuklären.
Die bearbeiteten Themen resultieren aus Kooperationen innerhalb des Graduiertenkolleges 2039 Molekulare Architekturen für die fluoreszente Bildgebung von Zellen. Dabei wurden sowohl klassische Molekulardynamik (MD)-Simulationen verwendet als auch Simulationen mit Verwendung sogenannter coarse-grained-Ansätze, bei denen mehrere Atome zu größeren Einheiten zusammengefasst werden.
Aus dem Gebiet der Peptid-Membra ... mehr

Abstract (englisch):
In this work, computer-based simulations were performed to elucidate different structural properties and dynamics of biomolecules.
The topics resulted from collaborations within the Research Training Group 2039 Molecular architectures for fluorescent imaging of cells. Classical Molecular Dynamics (MD) simulations and coarse-grained simulations were used, in which several atoms are combined into larger units.
In the field of peptide-membrane interactions, two hydrophobic peptides from type I Toxin-antitoxin systems were investigated in cooperation with the Ulrich res ... mehr


Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Publikationstyp Hochschulschrift
Jahr 2018
Sprache Englisch
Identifikator URN: urn:nbn:de:swb:90-832187
KITopen ID: 1000083218
Verlag Karlsruhe
Umfang XIX, 148 S.
Abschlussart Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Prüfungsdatum 19.04.2018
Referent/Betreuer Prof. M. Elstner
Projektinformation GRK 2039/1 (DFG, DFG KOORD, GRK 2039/1)
Schlagworte Molecular-Dynamics Simulations, MD, coarse-grained, Computerchemie, Gromacs, Martini, DAFT, Peptide, Lipidmembranen, Peptid-Lipid-Interaktionen, tisB, BsrG, stress-induziertes Peptid, toxin-antitoxin system, Bakterien, Strukturbiologie, structural studies, GRK 2039, hydrophobic peptides, charge zipper, hydrogen bond zipper, arabino- ribo- configured RNA dyes, energy transfer, siRNA, persister cells, traffic lights, fluorescent siRNA,
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