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Novel Methods for Analyzing and Visualizing Phylogenetic Placements

Czech, Lucas

Abstract:
Die DNS (englisch: DNA) bildet die vererbbare Grundlage allen bekannten Lebens auf dem Planeten. Entsprechend wichtig ist ihre "Entschlüsselung" für die Biologie im Allgemeinen, und für die Erforschung der evolutionären Zusammenhänge verschiedener biologischer Artern im Besonderen. In den letzten Jahrzehnten hat eine rasante technologische Entwicklung im Bereich der DNS-Sequenzierung stattgefunden, die auch auf absehbare Zeit noch nicht zum Stillstand kommen wird. Die biologische Forschung hat daher den Bedarf an computer-gestützten Methoden erkannt, sowohl in Bezug auf die Speicherung und Verarbeitung der immensen Datenmengen, die bei der Sequenzierung anfallen, als auch in Bezug auf deren Analyse und Visualisierung.
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Abstract (englisch):
The DNA is the hereditary basis of all known life on the planet. Deciphering this "code of life" is hence of key importance for biology in general, and for unravelling the evolutionary relationships between biological species in particular. The last few decades have seen rapid technological advances in DNA sequencing, with no slowdown of this trend being in sight. Research in biology hence has high demand for computational methods, both with respect to storage and processing of these huge datasets, and with respect to analysis and visualization thereof.

A basic concept in biology is that of the tree of life, which describes the evolutionary relationship between species. ... mehr

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Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000105237
Veröffentlicht am 28.01.2020
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Publikationstyp Hochschulschrift
Publikationsjahr 2020
Sprache Englisch
Identifikator KITopen-ID: 1000105237
Verlag Karlsruhe
Umfang XXIV, 220 S.
Abschlussart Dissertation
Fakultät Fakultät für Informatik (INFORMATIK)
Institut Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Prüfungsdatum 15.01.2020
Referent/Betreuer Prof. A. Stamatakis
Externe Relationen Forschungsdaten/Software
Forschungsdaten/Software
Schlagwörter Computational Phylogenetics, Phylogenetic Trees, Phylogenetic Placement, Data Analysis, Data Visualization, Clustering, Computational Biology, Bioinformatics, Software Development
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