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New Approaches to Long-Read Assembly under High Error Rates

Bongartz, Philipp

Abstract:
Das Gebiet der Genomassemblierung beschäftigt sich mit der Entwicklung von Algorithmen, die Genome am Computer anhand von Sequenzierungsdaten rekonstruieren. Es geriet erstmals in den Neunzigern mit dem Human Genome Project in den Fokus der Öffentlichkeit. Da nur kurze Abschnitte des menschlichen Genoms ausgelesen werden konnten, musste die Rekonstruktion längerer Genomsequenzen aus den ausgelesenen Abschnitten im Nachhinein am Computer erfolgen. Auch fast 20 Jahre nach der Veröffentlichung der menschlichen Genomsequenzen stellt die Genomeassemblierung nach wie vor noch einen essentiellen Verarbeitungsschritt für Sequenzierungsdaten dar. ... mehr

Abstract (englisch):
The research area of Genome Assembly engages in the development of algorithms for the computational reconstruction of genomes. It was subject of considerable media attention during the Human Genome Project in the 1990s and early 2000. Because only short sections of the genome could be deciphered in one go, longer sections of the genome had to be reconstructed on the computer in a post-processing step. Although it has almost been 20 years since the Human Genome Project published the sequence of the human genome, Genome Assembly still constitutes an essential step for analysing sequencing data. ... mehr

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Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000105508
Veröffentlicht am 04.02.2020
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Publikationstyp Hochschulschrift
Publikationsjahr 2020
Sprache Englisch
Identifikator KITopen-ID: 1000105508
Verlag Karlsruher Institut für Technologie (KIT)
Umfang 98 S.
Art der Arbeit Dissertation
Fakultät Fakultät für Informatik (INFORMATIK)
Institut Institut für Theoretische Informatik (ITI)
Prüfungsdatum 15.01.2020
Referent/Betreuer Prof. A. Stamatakis
KIT – Die Forschungsuniversität in der Helmholtz-Gemeinschaft
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