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Development of a universal alignment medium for the extraction of RDCs and structure elucidation with tensorial constraints

Gloge, Thomas

Abstract:
In der hochauflösenden Kernresonanzspektroskopie liefern rest-anisotrope Parameter wie dipolare Restkopplungen (RDcs), restliche chemische Verschiebungsanisotropien (RCSAs) und quadrupolare Restkopplungen (RQCs) wertvolle Informationen, die zu den unter isotropen (standard-) Bedingungen gemessenen NMR-Parametern für die Strukturverfeinerung und -aufklärung komplementär sind. Daher ist ein homogenes und ausreichend schwaches sogenanntes "Alignment" in sogenannten Alignmentmedien erforderlich, um eine geringe Anisotropie in der Probe zu induzieren. Obwohl eine Vielzahl unterschiedlicher Alignmentmedien und -methoden existiert, werden sie recht selten genutzt, da die derzeit verfügbaren üblichen Alignmentmedien entweder speziell für die Anwendung mit kleinen organischen Molekülen oder für große (Bio-) Makromoleküle entwickelt wurden und ihre Verwendung auf bestimmte Lösungsmittel beschränkt ist. ... mehr

Abstract (englisch):
In high resolution NMR spectroscopy, residual anisotropic parameters like RDCs, RCSAs, and RQCs provide valuable information complementary to parameters derived in isotropic (standard) conditions for the structure elucidation and refinement. For their measurement, homogeneous and appropriate weak partial alignment in so-called alignment media are needed to induce the suitable anisotropy. Although a multitude of different alignment media does exist, they are applied rather seldom, because common alignment media presently available are either specifically developed for application with small organic molecules or for big macromolecules and their use is restricted to a narrow range of certain solvents.
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Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000124161
Veröffentlicht am 06.10.2020
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Biologische Grenzflächen (IBG)
Institut für Organische Chemie (IOC)
Publikationstyp Hochschulschrift
Publikationsdatum 06.10.2020
Sprache Englisch
Identifikator KITopen-ID: 1000124161
Verlag Karlsruher Institut für Technologie (KIT)
Umfang IX, 216 S.
Art der Arbeit Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Organische Chemie (IOC)
Prüfungsdatum 23.04.2020
Referent/Betreuer Prof. B. Luy
Schlagwörter RDCs, residual dipolar couplings, partial alignment, alignment media, strain induced alignment in a gel, SAG, MDOC, molecular dynamics with orientational constraints, structural elucidation, anisotropy, tensorial constraints, molecular dynamics simulation, prochiral assignment, diastereoisomeric discrimination, configuration, conformation, Saupe Matrix, DQ NMR, Relaxometry, PEG, PEGDA, PEO, PEODA, poly(ethylene glycol), poly(ethylene oxide), Poly(ethylene oxide) diacrylate, Poly(ethylene glycol) diacrylate, anisotropic NMR, semi-automatic extraction of couplings, small organic molecules, peptide, protein, borneol, sucrose, amyloid precursor protein, APP, malectin, gramicidin S, ethinylestradiol, molecular modelling, conformational space, spiroindene, staurosporin, douple quantum proton NMR
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