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Machine Learning methodology for the study of a disulfide exchange reaction

Gómez Flores, Claudia Leticia 1
1 Institut für Physikalische Chemie (IPC), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)

Abstract:

Die Thiol-Disulfid-Austauschreaktion ist eine nukleophile Substitution, die in einer großen Klasse von Proteinen stattfindet. Sie spielt eine wichtige Rolle für die dritt- und viertdimensionale Struktur von Proteinen und die Katalyse biologischer Reaktionen. Außerdem kann der Thiol-Disulfid-Austausch die Aktivität bestimmter Proteine regulieren. In dieser Arbeit werden die strukturellen und Umgebungsfaktoren, die diese Reaktion beeinflussen, diskutiert.

Aufgrund ihrer Recheneffizienz hat sich die Density-Functional based Tight-binding (DFTB) Methode als beliebte und zuverlässige quantenmechanische Methode für Anwendungen in kondensierter Phase positioniert. ... mehr

Abstract (englisch):

The thiol-disulfide exchange reaction is a nucleophilic substitution that occurs in a large class of proteins. It plays an important role regarding the third and fourth dimensional structure of proteins and the catalysis of biological reactions. Moreover, thiol-disulfide exchange can regulate the activity of certain proteins. In this work, the structural and environmental factors that influence this reaction will be discussed.

Due to its computational efficiency, DFTB has positioned itself as a popular and reliable quantum mechanical method for condensed phase applications as it allows extensive phase space sampling and generating free-energy surfaces of complex reactions such as those occurring in biological systems. ... mehr


Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000150422
Veröffentlicht am 21.09.2022
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Nanotechnologie (INT)
Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Publikationstyp Hochschulschrift
Publikationsdatum 21.09.2022
Sprache Englisch
Identifikator KITopen-ID: 1000150422
HGF-Programm 43.31.01 (POF IV, LK 01) Multifunctionality Molecular Design & Material Architecture
Verlag Karlsruher Institut für Technologie (KIT)
Umfang viii, 97 S.
Art der Arbeit Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Prüfungsdatum 20.07.2022
Referent/Betreuer Elstner, Marcus
Wenzel, Wolfgang
KIT – Die Forschungsuniversität in der Helmholtz-Gemeinschaft
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