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Computational Studies of Transmembrane Proteins

Kumar, Deepak 1
1 Institut für Physikalische Chemie (IPC), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)

Abstract:

Wechselwirkungen zwischen Membranproteinen oder -peptiden spielen eine zentrale Rolle bei einer Vielzahl von biochemischen Prozessen wie Signalempfang, Enzyminhibition, dem Transport verschiedener gelöster Stoffe durch die Membran und der Aktivierung von Proteinen durch Signaltransduktion. Ziel der vorliegenden Studie war es, die strukturellen, physikalischen und atomistischen Eigenschaften von Biomolekülen, die in Phospholipid Doppelschichten eingebettet sind, mit Hilfe von computergestützten Simulationen zu untersuchen.

Der erste Teil dieser Arbeit zielt darauf ab, mechanistische Details über Wassertransfer- und Protonentransferreaktionen in der tetrameren Ladungszipper-TisB-Assemblierung von Peptiden, die in eine Doppelschicht eingebettet sind, zu liefern. ... mehr

Abstract (englisch):

Interactions between membrane proteins or peptides play a central role in many biochemical processes such as signal reception, enzyme inhibition, transport of various solutes across the membrane, and protein activation by signal transduction. The purpose of the present study was to examine the structural, physical, and atomistic properties of biomolecules embedded in phospholipid bilayers with the aid of computer-based simulations.

The first part of this work aims to provide mechanistic details about water transfer and proton transfer reactions in the tetrameric charge zipper TisB assembly of peptides embedded in a bilayer. ... mehr


Volltext §
DOI: 10.5445/IR/1000152704
Veröffentlicht am 30.06.2023
Cover der Publikation
Zugehörige Institution(en) am KIT Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Scientific Computing Center (SCC)
Publikationstyp Hochschulschrift
Publikationsdatum 30.06.2023
Sprache Englisch
Identifikator KITopen-ID: 1000152704
HGF-Programm 46.21.01 (POF IV, LK 01) Domain-Specific Simulation & SDLs and Research Groups
Verlag Karlsruher Institut für Technologie (KIT)
Umfang xviii, 189 S.
Art der Arbeit Dissertation
Fakultät Fakultät für Chemie und Biowissenschaften (CHEM-BIO)
Institut Institut für Physikalische Chemie (IPC)
Prüfungsdatum 20.10.2022
Referent/Betreuer Kubař, Tomáš
Schug, Alexander
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